Unit Hal Ehwal Akademik MRSM Gemencheh bertanggungjawab dalam mengawalselia perjalanan sistem pengajaran dan pembelajaran guru-guru di MRSM. Unit ini memainkan peranan penting dalam menyusun program-program pendidikan untuk mempertingkatkan pencapaian akademik pelajar maktab. Selain itu unit ini juga bertanggungjawab dalam memastikan kemudahan-kemudahan pembelajaran di MRSM sentiasa terkawal dan mencukupi seperti kemudahan komputer (Internet), buku rujukan dan lain-lain.

Unit dan jawatankuasa dibawah seliaan Unit Hal Ehwal Akademik antaranya :

  • Jabatan Matematik
  • Jabatan Sains
  • Jabatan Sains Sosial
  • Jabatan Bahasa
  • Jabatan Agama
  • Unit Peperiksaan dan Penilaian Maktab
  • Unit Teknologi Maklumat
  • Jawatankuasa Senat Maktab
  • Jawatankuasa Program Skor A PMR 
  • Jawatankuasa Program Skor A SPM
  • Jawatankuasa Pusat Sumber Pembelajaran / Buku Teks
  • Jawatankuasa 'The Schoolwide Enrichment Model' (SEM)
  • Jawatankuasa Penandaarasan Maktab
  • Jawatankuasa Standard Pendidikan MARA (SPMA)
  • Jawatankuasa Peningkatan Profesionalisma Guru/Staf